Le funzioni e i compiti di programmazione di cabotaggio marittimo che si svolgono in una regione sono esercitate dalla Regione stessa. Per accedere al finanziamento statale la Regioni stipulano contratti sulla base dei criteri stabiliti dal Cipe.
L'intera partecipazione della Società Tirrenia di Navigazione Spa in Caremar, Saremar, Toremar viene trasferita a titolo gratuito alle Regioni Campania, Sicilia, Sardegna e Toscana, qualora tali Regioni ne facciano richiesta entro 120 giorni dall'entrata in vigore del decreto. Puglia e Lazio possono invece chiedere il trasferimento gratuito a loro partecipate dei beni utilizzati dalla Tirrenia per i collegamenti con le Tremiti e l'arcipelago Pontino
