In frenata la e-tron può recuperare fino ad un massimo di 300 Nm e 220 kW di potenza elettrica, ovvero oltre il 70% della potenza massima dei motori: un record tra le auto elettriche prodotte in serie. Nel 90% dei casi le frenate sono d'intensità inferiore ai 0,3 g e l'Audi e-tron si serve dei soli motori elettrici per rallentare recuperando buona parte dell'energia cinetica normalmente dissipata. È possibile regolare manualmente la quantità di freno motore su tre livelli attraverso le palette dietro al volante oppure dall'interfaccia del sistema di infotainment Mmi. Più semplicemente, si può delegare al sistema la scelta della migliore strategia di recupero dell'energia in base al percorso impostato sul navigatore