Per gli autonomi è previsto un regime contabile ordinario su opzione in alternativa a quello semplificato (naturale). Quest'ultimo è basato sulla compilazione dei registri Iva, sia ai fini dell'imposta sul valore aggiunto, sia ai fini delle imposte dirette. Nell'ipotesi in cui i professionisti scelgono il regime semplificato possono eliminare il registro IRPEF incassi e pagamenti ed utilizzare solo i registri Iva con annotazione separata, in apposita sezione, delle operazioni non soggette ad Iva e rilevanti solo ai fini IRPEF, operando così una notevole semplificazione sotto il profilo contabile. Tale regime può essere adottato indipendentemente dall'entità dei compensi percepiti. Nel regime ordinario, invece, come detto, oltre ai registri iva è invece necessario procedere con le annotazioni sull'apposito registro degli incassi e pagamenti dove far quadrare le risultanze dell'estratto conto intestato all'attività. Entrambi i regimi non comportano, agevolazioni di carattere fiscale legate al tipo di contabilità prescelta.
In alternativa per chi inizia una attività è possibile adottare il regime forfetario che, invece, consente molteplici agevolazioni sia sotto il profilo fiscale, contributivo e di tipo burocratico.