La presidenza del Consiglio effettua la ricognizione delle risorse generate da progetti con fonti di finanziamento diverse dai Fondi strutturali europei. Entro 90 giorni dall'entrata in vigore della legge, la presidenza del Consiglio provvede alla riprogrammazione che definisce la modalità di reimpiego delle risorse, anche con «procedure sostitutive» per le amministrazioni inerti o inadempienti. Il Cipe approva la riprogrammazione e la trasmette al Parlamento per i pareri delle commissioni competenti. La presidenza del Consiglio promuove la stipula delle intese con le Regioni interessate