Nel 2012 il Governo Erdogan sferrò una campagna di accuse ai vertici militari laici e kemalisti dell'epoca accusandoli di aver preparato, con una rete segreta chiamata Ergenekon, un colpo di stato per rovesciare il governo legittimo di Erdogan appena insediato. La magistratura in primo grado condannò 230 militari a pene variabili dai 13 a 20 anni di reclusione, una decisione poi annullata in appello per mancanza di prove e che ha portato alla scarcerazione degli accusati, tra cui una decina di generali e del capo di stato maggiore. Intanto però i vertici delle Forze armate erano stati cambiati con personalità più vicine all'esecutivo e provenienti dalla gendarmeria.