Al boss restano però pochi mesi di libertà: il 15 gennaio del 1993 i carabinieri del Ros lo arrestano dopo 24 anni di latitanza. Gli ultimi periodi della latitanza la famiglia li trascorre in una villa degli imprenditori mafiosi Sansone, a due passi dalla circonvallazione. I carabinieri lo ammanettano poco lontano da casa: un arresto il suo su cui restano molti punti oscuri. La versione ufficiale lo vuole “consegnato” da un suo ex fedelissimo, Baldassare Di Maggio, il pentito che poi avrebbe raccontato del bacio tra Riina e Andreotti. Ma sulla cattura del capo dei capi gravano ombre pesanti: a tratteggiarle sono gli stessi magistrati che dal 2012 lo processano per la cosiddetta trattativa Stato-mafia in cui il boss avrebbe avuto, almeno inizialmente un ruolo. Sarebbe stato il compaesano, l'amico di una vita, Bernardo Provenzano, più cauto e, dicono i pentiti, contrario frontale all'attacco allo Stato, a venderlo ai carabinieri barattando in cambio l'impunità. Con la morte del padrino restano senza risposte molte domande: sui rapporti mafia e politica, sulla stagione delle stragi, sulle trame che avrebbero visto Cosa nostra a braccetto con poteri occulti in una comune strategia della tensione.